Com o apoio de Dom Paulo Evaristo Arns, o IPEAFRO foi criado em 1981 como órgão da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo, na ocasião da volta ao Brasil do Professor Abdias Nascimento após um exílio de 13 anos. A proposta era de instalar na PUC um setor de ensino e pesquisa de assuntos afro-brasileiros e uma biblioteca especializada a partir do acervo do professor Abdias Nascimento, uma vasta coleção de livros, fotografias, documentos e registros históricos.

O IPEAFRO organizou e realizou o 3º Congresso de Cultura Negra das Américas em agosto de 1982, bem como o curso de extensão Conscientização da Cultura Afro-Brasileira e vários seminários na PUC-SP. Com financiamento do FINEP e da Fundação Ford, realizou pesquisa de campo sobre comunidades quilombos em vários estados do Brasil,.

Publicou a revista bilíngüe Afrodiáspora no período 1984-87, com o apoio do Instituto RioArte, da Secretaria de Cultura do Município do Rio de Janeiro.

Não tendo a PUC-SP condições de infraestrutura para sustentar a proposta do IPEAFRO, e tendo-se perdido parte do acervo do professor Abdias Nascimento por falta de condições de armazenamento, mudou-se o IPEAFRO em 1984 para o Rio de Janeiro, onde organizou o primeiro seminário internacional realizado no Brasil sobre a independência da Namíbia.

De 1985 a 1995, o curso "Sankofa: Conscientização da Cultura Afro-Brasileira" continuou na UERJ e passou a ser uma referência para a comunidade negra e docente no Rio de Janeiro, como também o 1º Fórum sobre o Ensino da História das Civilizações Africanas na Escola Pública, que reuniu centenas de educadores em 1991. O livro A África na Escola Brasileira, relatório do Fórum, passou a ser uma referência para o tema em todo o Brasil.

O IPEAFRO ainda realizou várias exposições sobre a obra pictórica de Abdias Nascimento e seu trabalho político e cultural desde a fundação do Teatro Experimental do Negro em 1944.

A partir de 2003, o IPEAFRO desenvolve o projeto Testemunhos de um Negro Revoltado, organização e restauro das obras de arte e dos documentos históricos do acervo de Abdias Nascimento.

Esse projeto tem apoio da Fundação Ford e é realizado em parceria com a o Núcleo de Reflexão e Memória Afrodescendente - NIREMA e com a Divisão de Bibliotecas e Documentação - DBD da PUC-RIO, a Biblioteca do Congresso dos Estados Unidos, e a Biblioteca Nacional.